斉昭さんは面白い事を考えつくものですね。
一覧表の画像（改正版の方）をスキャンして載せておきます。


例えば「政府」と伝えたいときは「セイフ」⇒「ケタハ」、「老公」と伝えたいときは「ロウコウ」⇒「クヨナヨ」、「間者」と伝えたいときは「カンジヤ」⇒「ホテサラ」になるらしい。

暗号文を作る時は平文（通常の文章）をカタカナに変えてから、神發仮名の変換表を見ながらそれぞれ一文字ずつ赤い文字に変換し、書いて渡す。もらった方は変換表を見ながらカタカナ一文字一文字を正しいカタカナに変換してから平文に戻す。
漢字の読みを利用して作られているので、当時の人達は変換の仕方を頭に入れていたのではないかと。
そんな感じです。